門司港站於1891年開通，在1942年海底關門隧道(Kan-mon Tunnel)開通之前，一直作為通往「九州(Kyushu)島的門戶」的繁華火車站。
目前的車站大樓建於1914年，1988年成為日本第一個被指定為國家「重要文化財」的火車站。
門司港站和東京車站是僅有的兩個被指定為國家重要文化財的現役車站建築。
保護和維修工作於2019年完成，恢復了原始建築的美麗外觀。
同時，在曾經是三等車候車室的地方建造了一家復古、氣氛很好的星巴克咖啡店，在二樓曾經是貴賓室的地方，38年來首次恢復了一家高級西餐廳—“Mikado食堂” 。
